Amióta a Paths időhasadéka az Emlékezés Napján először aktiválódott, az Új Földön élő emberek tömegei látomásokat láttak egy ötödik időhasadékról, amely a becsapódás kísérteties Ground Zero felett lebegett, és arra várt, hogy felfedezzék. Ezek a látomások egyre nagyobb empátiát és összetartást váltottak ki az emberek között – egy olyan köteléket, amely sokkal erősebb volt, mint a Path-hoz való tartozásuk. Az első korszak során tömeges kivándorlás történt a Path fővárosokból, és az első úttörők felfedezték, hogy a látomásaikban szereplő időhasadék nemcsak létezik, hanem egy új civilizáció alapjait is magában hordozza, amely végül az Új Föld összes lakóját egy új útra terelheti – az Egység Pathjára.
Az Egység Ösvényének felfedezői hamarosan rátaláltak egy eldugott hegyi völgyre, ahol a rejtélyes növényvilág nemcsak túlélte a becsapódást, hanem az aszteroida mérgező neutronium porának hatására mutálódott és fejlődött. Az így kialakult virágszerű kristályformációk egy Flux nevű anyagot szintetizálnak, amelyet a völgy rejtélyes lakói, a Betakarítók gyűjtenek és tanulmányoznak. A Betakarítók hajlandóak megosztani a Flux technológia titkait az Ösvényekkel, de hallgatnak a mellékhatásairól, amelyekkel szemben csak ők immunisak...
Az Anachrony első nagy kiegészítésének, a Fractures of Time alternatív történetében a négy eredeti Ösvény és az újonnan alakult, optimista Egység Ösvénye hozzáférést nyert egy Flux nevű hatalmas új technológiához. A Flux magok az Amethynia-völgyben, a kiegészítés új fő zónájában szerezhetők be. A Flux magok felhasználásával a játékosok feltölthetik Fracture eszközüket, és így egyik már elhelyezett exo-ruháját egy új akciótérre mozgathatják („Blink”), ahelyett, hogy újat helyeznének el, vagy azonnal visszaszerezhetik néhány munkásukat vagy szabad akció jelzőjüket. Ez soha nem látott hatékonyságot eredményezhet, de a Time Riftshez hasonlóan a Flux technológia is kétélű fegyver. Elég fejlett Fracture eszköz nélkül a túlzott használata időbeli zavarokat okozhat; hektikus negatív hatásokat, mint például az Exosuit-dokkolóhelyek leállítása, épületek ideiglenes kikapcsolása, vagy a játékosok anomáliákra való hajlamosabbá tétele.
A völgy más titkokat is rejt. Az Operátorok fejlett technológiája lehetővé teszi a játékosok számára, hogy eltávolítsák az időbeli zavarokat, klasszikus Path technológiájukat új funkciókkal bővítsék, és akár magukat a Harvestereket is bevonják egy új, hatékony munkásosztályba, akik immunisak a Flux mellékhatásaira.
Önállóan nem játszható! Szükséges hozzá az Anachrony alapjáték!